1．预处理
2．调节池
3．前期物化、生化处理
4． MBR池。膜生化池是膜生物反应器的核心部分，利用向MBR池中通入空气，供给生物处理中微生物生长所需的氧气，增加繁殖速度、加快新陈代谢过程。（2）确认膜生物反应器（MBR）池内残留的杂物（混凝土块、泥巴、砂子、木屑、钢丝等）和水等已清理干净。同时气泡在上升的过程中可以对膜表面进行水擦洗，并在池中形成在的回旋流（均匀的上向流和下向流），使膜丝产生抖动，防止活性污泥对膜的堵塞。膜生化池内，将中空纤维膜组件（由一定数量的帘式膜单体组装在一个框架内所构成）用导轨进入水中，开动吸引泵(自吸泵)，使膜丝内形成负压，引出透过液，MR-II膜可以保持较高的的MLSS（悬浮污泥浓度），通常控制在3000-10000mg/L。
5． 膜的布局。 膜组件的平面布局尽可能位于生化池的中央，以确保下向流所需的足够空间为目的。膜组件断面布局：对于膜组件的上下部，为了形成均匀的回旋流，对膜组件上端水位深度与下面曝气器的位置进行合理的布局。
6． 吸引出水方式和注意事项
7． 曝气系统。膜架下部设曝气器，以确保进一步生化系统所需的氧气和膜清洗所需的空气量。从计算上看，首先保证曝气形成的回旋流状况。如果曝气不足，还需在不影响回旋流的地方，增加曝气量。
8． 控制系统。
9． 膜的清洗。
根据膜组件和生物反应器的组合方式，可将膜生物反应器分为分置式、一体式以及复合式三种基本类型。
1.分置式膜生物反应器
把膜组件和生物反应器分开设置，生物反应器中的混合液经循环泵增压后打至膜组件的过滤端，在压力作用下混合液中的液体透过膜，成为系统处理水；固形物、大分子物质等则被膜截留，随浓缩液回流到生物反应器内。分置式膜生物反应器的特点是运行，易于膜的清洗、更换及增设；而且膜通量普遍较大。但一般条件下为减少污染物在膜表面的沉积，延长膜的清洗周期，需要用循环泵提供较高的膜面错流流速，水流循环量大、动力费用高，并且泵的高速旋转产生的剪切力会使某些微生物菌体产生失活现象。膜分离过程为动态过滤过程，大分子溶质被膜壁阻隔，随浓缩液流出，膜不易被堵塞，可连续长期使用。
2．一体式膜生物反应器
把膜组件置于生物反应器内部，进水进入膜生物反应器，其中的大部分污染物被混合液中的活性污泥去除，再在外压作用下由膜过滤出水。这种形式的膜生物反应器由于省去了混合液循环系统，并且靠抽吸出水，能耗相对较低；占地较分置式更为紧凑，近年来在水处理领域受到了特别关注。（2）超细格栅：如果待处理废水中含有头发及纤维状物质，在配备常规的粗格栅（20-25mm）和细格栅（5-10mm）后，还需要配备孔径为1mm的超细格栅。
3.复合式膜生物反应器
在形式上也属于一体式膜生物反应器，所不同的是在生物反应器内加装填料，从而形成复合式膜 - 生物反应器，改变了反应器的某些性状。
膜-生物反应器主要由膜分离组件及生物反应器两部分组成，生物反应器中的混合液经循环泵增压后打至膜组件的过滤端，在压力作用下混合液中的液体透过膜，成为系统处理水；固形物、大分子物质等则被膜截留，随浓缩液回流到生物反应器内。
特点：
◇ 的固液分离，其效果远胜于传统的二沉池，出水水质良好，出水悬浮物和浊度接近于零；
◇ 它将传统的曝气池和沉淀池合二为一，大幅度减少占地面积，节省一次性土建的投资；
◇ 由于泥龄可以非常长,从而大大提高难降解有机物的降解效率
◇ 反应器在高容积负荷、低污泥负荷、长泥龄下运行，剩余污泥产量极低,由于泥龄可长，理论上可实现零污泥排放。
◇ 系统实现PLC控制，操作管理方便
应用领域：
城市污水处理及建筑中水回用；工业废水处理，如食品工业废水、石油化工废水等等；微污染饮用水净化；粪便污水处理；土地填埋场/堆肥渗滤液处理。
